Casi simultáneamente, una familia llamada Amdo, de Kongpo en Tibet Central, llevaron a su hijo ya que reclamaban era el Karmapa. Se le pidió a Gyaltsap Tashi Namgyal que cuidara a este segundo niño. Mientras tanto, el primer niño había sido llevado a Lho Rong, en la provincia de Riwo Che donde se encontraba un grupo de discípulos del anterior Karmapa. Estaban convencidos que esta era la reencarnación de su maestro. Y así comenzó un período de prueba en el que cada fracción insistía en sostener a su candidato. Finalmente Gyaltsap arregló que ambos niños se conozcan y sean puestos a prueba. Siguiendo la tradición, se le pidió a cada uno que seleccione las posesiones del Karmapa anterior de un grupo de objetos colocados al azar. Mikyo Dorje probó que era capaz de escoger los objetos correctos - no así su contendiente. Así fue como Mikyo Dorje fue proclamado como Karmapa y de inmediato anunció que su contendiente era la encarnación de Zurmang Chungtsang del monasterio de Zurmang en Tibet Oriental.

Mikyo Dorje recibió todas las enseñanzas Kagyu de Tashi Paljor completó sus estudios con una gran cantidad de maestros talentosos. Continuó escribiendo gran cantidad de tratados y fundó varias escuelas monásticas. Seleccionó como sustentor del linaje al quinto Shamarpa, Konchog Yenlag, a quien había identificado, y a quien entregó las transmisiones Kagyu, especificando que las encarnaciones de Karmapa y Shamarpa son inseparables y en la misma corriente de la mente.